Elde edilen döllenmiş yumurtalara embriyo denir. Embriyolar iki hücreli aşamadan çok hücreli blastokist aşamasına kadar herhangi bir dönemde transfer edilebilir.

Yardımcı üreme tekniklerinde transfer edilen embriyo sayısıyla klinik gebelik oranları arasında direkt bir ilişki mevcut. En iyi klinik sonuçlar 2 – 4 embriyonun transfer edilmesiyle alınır. İkiden fazla sayıda embriyo transfer edildiğinde çoğul gebelik oranları oldukça yükselir. Ancak bu risk artan kadın yaşıyla birlikte azalır. Çoğul gebeliklerin komplikasyon oranlarının yüksek olması ve erken doğum gibi nedenlerle maliyetin artması nedeniyle pek çok ülkede transfer edilen embriyo sayısı kısıtlandı. İkiden fazla sayıda embriyo ancak 37 yaşından büyük ve daha önceki IVF/ICSI denemelerinin başarısız olduğu hastalarda yapılır. Hatta bazı çalışmacılar 35 yaşından genç her hastada sadece 1 tane blastokist transfer edilmesini önerir.

Embriyo transferi yapılırken hasta jinekolojik muayene pozisyonunda yatırılır. Vajinaya spekulum takılır. Sonra steril serum fizyolojikle temizlik yapılır. Ardından özel kültür sıvılarıyla rahim ağzı temizlenir. Embriyolog transfer edilecek embriyoları katater içinde laboratuvardan getirir. İşlemi yapacak olan hekim karından yapılan ultrason eşliğinde embriyoları rahim içine bırakır. Embriyo transferi işlemi ağrılı bir işlem değildir ve anestezi gerektirmez.

İşlem sonrası endometriumu (rahim içini döşeyen doku) desteklemek için hastaya enjeksiyon, fitil ya da krem şeklinde hormon ilaçları verilir. Luteal faz desteği adı verilen bu tedavi eğer gebelik oluşursa 10. haftaya kadar devam eder. Gebelik oluşmayıp adet kanamasının olduğu durumlardaysa kanamanın başlamasıyla birlikte tedavi kesilir. Embriyo transferi sonrası 12. günde hasta gebelik testi için çağırılır.